Podczas kwalifikacji pięciokrotnie okazał się najlepszy, co było najlepszym wynikiem obok Francuza Christiana Sarrona.
Sezon 1989 stał pod znakiem poważnej kontuzji Australijczyka, który w wyniku urazu odniesionego podczas GP USA, nie był w stanie wziąć udziału w pięciu kolejnych rundach. Do rywalizacji powrócił na GP Holandii, w którym zajął przyzwoite szóste miejsce. W ostatnich pięciu wyścigach (nie wystartował w Brnie) dwukrotnie przeciął linię mety, zajmując odpowiednio trzecią i siódmą pozycje w GP Szwecji oraz Brazylii. Zdobyte punkty usadowiły go na 10. lokacie.
Australijczyk nową dekadę rozpoczął od drugiego miejsca w inauguracyjnym sezon GP Japonii. W kolejnej rundzie (o GP USA) startował z pole position. Wyścigu jednak nie ukończył. Oczekiwany sukces odnotował w GP Hiszpanii, w którym odniósł szesnaste zwycięstwo w karierze. Po GP Narodów u Gardnera odnowiła się kontuzja, na skutek której pauzował w trzech kolejnych eliminacjach. Po raz kolejny pierwszą rundą po rekonwalescencji okazał się wyścig w Assen. Tym razem jednak nie dojechał do mety. Spośród ostatnich siedmiu eliminacji, Wayne czterokrotnie plasował się w czołowej trójce, a podczas kończącego zmagania GP Australii stanął na najwyższym stopniu (wykręcił również najszybszy czas okrążenia). W GP Wielkiej Brytanii uzyskał ostatnie pole position w karierze.