Problemy techniczne Po rozpoczęciu testów „Papanikolisa” w 2006 roku, grecka marynarka wojenna odkryła w nim szereg problemów technicznych, wśród których znajdowały się problemy z wydajnością opartego na ogniwach paliwowych niezależnego od dostępu powietrza systemu zasilania energią. left|thumb|„Papanikolis” w suchym doku - widoczna nowoczesna nisko szumowa śruba, która jednak wywołuje nadmierną kawitację Układ AIP okrętu ma bowiem mniejszą od przewidzianej specyfikacją systemu moc wyjściową, a ponadto na skutek wyższej niż prawidłowa temperatury układu, system musi być wyłączany już po kilku godzinach pracy.
Okręt borykał się także z problemami zintegrowanego bojowego systemu sensorów podwodnych (Integrated Sensor Underwater System - ISUS), zwłaszcza burtowymi antenami sonarów, poważnymi problemami ze stabilnością okrętu podczas rejsu na powierzchni morza, a także problemami z nieszczelnymi systemami hydraulicznymi okrętu. Stwierdzenie tych problemów pociągnęło za sobą odmowę odbioru okrętu przez nabywcę, i powrót jednostki do niemieckiej stoczni.