W prezbiterium kościoła ustawiona jest także barokowa chrzcielnica z 1682, wykonana przez stolarza Christopha Schmidta z Wolina i Joachima Sellina (malarza), a przeznaczona pierwotnie dla kościoła w Dobropolu. Chrzcielnica ma kształt sześcioboku, na jej ściankach umieszczono zakończone półkoliście płyciny z następującymi obrazami: Arka Noego, Obrzezanie, Przejście przez Morze Czerwone, Chrzest w Jordanie, Uroczystość Zielonych Świątek, św. Krzysztof. Naroża chrzcielnicy ozdobione zostały toskańskimi kolumnami na wysokich cokołach. Chrzcielnica przed umieszczeniem w kościele w Trzęsaczu znajdowała się przez wiele lat w szczecińskiej bazylice archikatedralnej.
W kościele zamontowano współczesne witraże przedstawiające postacie świętych i błogosławionych związanych z nauką, edukacją i wychowaniem: św. Augustyn, św. Tomasz z Akwinu, św. Jan de la Salle, św. Jan Bosko, św. Klemens Hofbauer, św. Edyta Stein, św. Jan Kanty, św. Królowa Jadwiga, bł. Franciszka Siedliska, bł. Edmund Bojanowski, bł. Marcelina Darowska, św. Maksymilian Maria Kolbe.