Najcenniejszym elementem wyposażenia odbudowanego kościoła jest wczesnobarokowy ołtarz główny wykonany w 1673 przez Martina Edelbera i Joachima Sellina z Wolina. Pierwotnie ołtarz znajdował się w gotyckim kościele w Trzęsaczu. Po zamknięciu tego kościoła, został przewieziony do katedry w Kamieniu Pomorskim, skąd powrócił do Trzęsacza w 2003. W retabulum ołtarza przedstawiona została scena Ukrzyżowania z figurami Chrystusa, dwóch łotrów i stojącymi pod krzyżem postaciami Maryi i Jana Ewangelisty. Tło sceny stanowi obraz olejny z przedstawieniem uroczystego orszaku. W zwieńczeniu płaskorzeźba z wyobrażeniem Boga Ojca i siedzącego po jego prawicy Chrystusa. Powyżej napis: Deo Trinuni Sacrum (Trójjedynemu Bogu Świętemu). Ołtarz zwieńczony jest figurą Chrystusa Zmartwychwstałego i dwoma leżącymi po bokach żołnierzami. W predelli umieszczono scenę Ostatniej Wieczerzy z figurami apostołów przypominającymi z wyglądu panujących wówczas na Pomorzu Szwedów.