Sprawował on urząd do 2006, gdy został odsunięty od godności przez zgromadzenie zwierzchników Kościołów prawosławnych, z zachowaniem tytułów honorowych, z powodu ciężkiego stanu zdrowia (duchowny cierpiał na chorobę Alzheimera i pozostawał w śpiączce). Jego następca Chryzostom II pozostawał aż do śmierci w 2022 zwierzchnikiem Kościoła. Po jego śmierci strażnikiem tronu został Jerzy (Papachrysostomou), metropolita Pafos, aż do wyboru nowego arcybiskupa. 24 grudnia 2022 r. właśnie Jerzy został wybrany na nowego arcybiskupa Cypru.
Podział administracyjny
W 1973 r. Cypryjski Kościół Prawosławny podzielony został na sześć eparchii. W 2018 r. było ich dziesięćOficjalna strona Kościoła Cypru : Arcybiskupstwo Nikozji Metropolia Pafos Metropolia Kition Metropolia Kirenii Metropolia Limassol (Lemesos) Metropolia Morfu Metropolia Konstancji i Ammochostos Metropolia Kykkos i Tylirii Metropolia Tamassos i Oreini Metropolia Trimithous.
W skład Synodu Kościoła wchodzi jego zwierzchnik, metropolici oraz biskup pomocniczy archieparchii Nikozji noszący każdorazowo tytuł biskupa Salaminy.