Zamek posiadał też kilka tuneli łączących go ze znajdującym się nieopodal garnizonem oraz system tajnych korytarzy między pomieszczeniami pałacowymi.
Wnętrza thumb|250px|Reprezentacyjna klatka schodowa Zamku Michajłowskiego Do jednego z najważniejszych pomieszczeń należy tzw. wspólna jadalnia, znajdująca się w skrzydle przeznaczonym dla cesarzowej Marii Fiodorownej. Zawieszone są w niej dwa żyrandole, każdy na pięćdziesiąt świec. W późniejszym okresie sala została podzielona na trzy niezależne pomieszczenia. Oryginalny wygląd przywrócono dopiero w trakcie renowacji na przełomie XIX i XX wieku. Najokazalsze były sale tronowe dla cesarzowej oraz dwóch cesarzewiczów: Aleksandra Pawłowicza (późniejszego imperatora) oraz Konstantego Pawłowicza (późniejszego naczelnego wodza armii Królestwa Polskiego).
Na pokoje reprezentacyjne imperatora składała się sala tronowa, połączona z Salą św. Jerzego oraz Galerią Marmurową, która miała służyć za miejsce zebrań Zakonu Maltańskiego. Dekoracje komnat pałacowych były pełne przepychu, wykonane ze złota, alabastru, porfiru. Z Włoch sprowadzano kopie antycznych rzeźb wykonanych z białego marmuru.