Okres frankokracji i rządów tureckich Po objęciu władzy na Cyprze przez francuską dynastię Lusignanów nowi władcy podjęli starania na rzecz szerzenia na wyspie katolicyzmu. Ponadto w 1260 papież Aleksander IV ogłosił likwidację prawosławnego arcybiskupstwa Cypru i powołanie na wyspie hierarchii łacińskiej. Prawosławny hierarcha Pafos musiał przenieść swoją siedzibę do Arsinoe, gdzie eparchię tego wyznania zlikwidowano.
Metropolia Pafos została reaktywowana w II połowie XVII w. razem z metropoliami Kition i Kirenii. Podobnie jak inni hierarchowie Cypryjskiego Kościoła Prawosławnego, jej zwierzchnicy aktywnie brali udział w obronie praw Greków cypryjskich. Metropolita Leoncjusz razem z arcybiskupem Chrystodulosem I prowadził tajną korespondencję z królem hiszpańskim Filipem III i księciem Sabaudii Karolem Emanuelem II w sprawie wyzwolenia Cypru. Metropolita Panaret (zm. 1790) został za swoją osobistą postawę i zaangażowanie w sprawy społeczne ogłoszony świętym przez patriarchę Konstantynopola Gerazyma.