W 1821 metropolita Pafos Chryzant został stracony razem z grupą innych duchownych (w tym arcybiskupem Cypru Cyprianem) z powodu poparcia Kościoła dla powstania w Grecji.
W ostatnich dekadach XIX wieku oraz na początku XX stulecia metropolici Laurenty, Epifaniusz i Jakub przyczynili się do założenia i wzmocnienia greckich szkół w Nikozji i w swojej eparchii.
Pod władzą brytyjską i w niepodległej Republice Cypru Po włączeniu Cypru w skład kolonii brytyjskich Kościół Cypru, w tym hierarchia eparchii Pafos, na nowo podjął walkę o niepodległość wyspy. Metropolita Pafos Leoncjusz od 1933 do 1947 był locum tenens Kościoła, po wygnaniu zaangażowanych w ruch narodowy metropolitów Kirenii Makarego i Kition Nikodema. Leoncjusz domagał się przyłączenia Cypru do Grecji (enosis). W 1947 został wybrany na arcybiskupa Cypru, lecz zmarł 36 dni po wyborze. W latach 50. XX wieku metropolia przeżywała znaczne trudności materialne wywołane trzęsieniami ziemi w regionie.