W tym samym roku nastąpiła fala aresztowań i od tego roku działalność prowadzona była konspiracyjnie. Odebrano sale królestwa (m.in. w Gorzowie Wielkopolskim przy Grobli 2). Od kwietnia do września 1950 UB aresztowało grupę wyznawców – najwięcej w Krośnie Odrzańskim. Na koniec 1950 roku spośród 30 aresztowanych w województwie zielonogórskim, 5 zostało skazanych na bezwzględne kary pozbawienia wolności. Wśród nich był Tadeusz Klara, aresztowany 3 lipca 1950 roku w Kożuchowie i skazany na 4 lata więzienia. Przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Zielonej Górze toczyło się kilka procesów przeciwko świadkom Jehowy. Zarzucano im organizowanie zebrań, przechowywanie i rozpowszechnianie nielegalnej literatury oraz utrzymywanie kontaktów organizacyjnych z kierownictwem obwodu. W Gorzowie Wielkopolskim represje dotknęły m.in. Jana Piniewskiego, którego uwięziono.
W 1956 roku trzech wyznawców zostało skazanych na kary więzienia za przynależność i działalność w związku wyznaniowym Świadków Jehowy na terenie jednej z gromad województwa. W 2000 roku w efekcie kasacji wniesionej przez prokuratora generalnego, Sąd Najwyższy uchylił tamte wyroki i wszystkich trzech uniewinnił.