Boban Babunski (mac. Бобан Бабунски, ur. 5 maja 1968 w Skopju) – macedoński piłkarz grający na pozycji środkowego obrońcy. Rozegrał 23 mecze w reprezentacji Macedonii i strzelił 1 gola. Wystąpił też w 2 meczach reprezentacji Jugosławii.
Kariera klubowa Karierę piłkarską Babunski rozpoczął w klubie Vardar Skopje. W 1985 roku awansował do kadry pierwszej drużyny i w sezonie 1985/1986 zadebiutował w niej w pierwszej lidze jugosłowiańskiej. W lidze Jugosławii grał przez 7 sezonów. Latem 1992 przeszedł do CSKA Sofia. W 1993 roku zdobył z CSKA Puchar Bułgarii.
W 1994 roku Babunski wyjechał do Hiszpanii i przez dwa sezony bronił barw klubu tamtejszej Segunda División, UE Lleida. W 1996 roku odszedł z Lleidy do japońskiej Gamby Osaka. W J-League grał przez 3 sezony.
W 1998 roku Babunski wrócił do Europy i podpisał kontrakt z AEK Ateny. Po sezonie gry w greckiej Alpha Ethniki ponownie trafił do Hiszpanii i występował w tamtejszym drugoligowcu, CD Logroñés. W sezonie 2000/2001 najpierw grał w Chemnitzer FC, w drugiej lidze Niemiec, a następnie w rodzimym Rabotničkim Skopje, w którym zakończył swoją karierę.