Tuż przed wybuchem II wojny światowej do Białegostoku dostarczono koleją 12 tysięcy publikacji biblijnych, które zmagazynowano w prywatnych domach jako zapas na okres, gdy nie były one już dostępne.
Okres II wojny światowej thumb|200px|Hitlerowskie oświadczenie o wyrzeczeniu się wiary, którego podpisania odmawiali Świadkowie Jehowy thumb|200px|W czasie II wojny światowej wielu wyznawców zostało osadzonych w obozach koncentracyjnych i nosiło znak – fioletowy trójkąt W czasie okupacji wielu tutejszych wyznawców trafiło do hitlerowskich więzień i obozów koncentracyjnych z powodu swoich przekonań religijnych lub przyjmowania postawy pacyfistycznej.
Po agresji radzieckiej na Polskę w 1939 roku świadkowie Jehowy odmawiali wstąpienia do Armii Czerwonej; wyznawcy z rejonów Łomży i Białegostoku zostali za to osadzani w więzieniach (m.in. w Łomży). Niektórzy zostali deportowani na Syberię.
We wrześniu 1941 roku 28-osobową grupę z Białegostoku rozstrzelano w lesie w pobliżu wsi Grabówka – z powodu próby spacyfikowania niemieckich okupantów, którzy wkroczyli do miasta.