We wrześniu 2010 ogłosił zamiar ubiegania się o nominację Partii Pracy w najbliższych wyborach prezydenckich. Już w 1997 był wymieniany jako jeden z potencjalnych kandydatów na to stanowisko, jednak wówczas (podobnie jak w 2004) Partia Pracy nie wysunęła własnego kandydata. W czerwcu 2011 został oficjalnym kandydatem Partii Pracy w wyborach prezydenckich w październiku 2011.
W głosowaniu z 27 października zajął pierwsze miejsce, zdobywając 39,6% głosów poparcia (701 tys. głosów) w pierwszej turze liczenia głosów. Jego najbliższy rywal, Seán Gallagher, uzyskał wówczas 28,5% głosów poparcia (505 tys.). W ostatniej turze liczenia głosów Michaela D. Higginsa poparło 61,6% głosujących (1,007 mln głosów), a Seána Gallaghera 38,4% głosujących (628 tys.). Urząd prezydenta objął 11 listopada 2011. Na stanowisku zastąpił Mary McAleese, zajmującą je od 1997.
W 2018 ubiegał się o reelekcję w kolejnych wyborach prezydenckich, uzyskując poparcie licznych środowisk politycznych. 26 października zajął pierwsze miejsce w tych wyborach, otrzymując 55,8% głosów poparcia w pierwszej turze liczenia głosów (823 tys.