Został jednak podczas tej akcji poważnie uszkodzony, gdyż po przebiciu przedniej kazamaty, trafiony został środkowy kocioł i w efekcie wybuchu zginęło dwóch członków załogi w sterówce nad pokładem bateryjnym, a 29 zostało poparzonych (według innych źródeł, było 11 zabitych i 23 rannych, w tym Porter).
Po remoncie i ostatecznej przebudowie „Essex” uczestniczył w walkach pod Vicksburgiem, będącym centralnym punktem oporu konfederatów na rzece. 13 lipca 1862 roku brał udział w próbie ataku na Vicksburg. 22 lipca 1862 roku przeszedł z taranowcem „Queen of the West” koło baterii Vicksburga, podejmując próbę zniszczenia stojącego tam okrętu pancernego CSS „Arkansas”. „Essex”, próbując staranować „Arkansas”, wszedł na mieliznę, lecz zdołał ostatecznie odpłynąć w dół rzeki. Połączył się dzięki temu z eskadrą Marynarki Unii za Vicksburgiem. Ponownie uczestniczył w akcji przeciw „Arkansas” pod Baton Rouge 5 sierpnia 1862 roku, zakończonej awarią maszyn okrętu pancernego konfederatów i jego samozatopieniem przez załogę.
We wrześniu 1862 roku „Essex” przeszedł remont w Nowym Orleanie.