Jest autorem pierwszych w Polsce podręczników, dotyczących tej dyscypliny.
W przedmowie do podręcznika Inżynieria chemiczna napisał:
W dalszej części przedmowy przedstawił wielką różnorodność procesów przemysłowych i stwierdził:
Stwierdził też, że konieczność wyodrębnienia dyscypliny inżynieria chemiczna: Starania o wyodrębnienie samodzielnego wydziału Inżynierii Chemicznej na PW Ciborowski rozpoczął w 1963, a w roku następnym Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego powołało go oficjalnie na organizatora wydziału i seniora budowy nowego gmachu. Budynek oddano do użytku w 1975. Wcześniej (1970) dokonano reorganizacji uczelni, w ramach której utworzono początkowo Instytut Inżynierii Chemicznej; otrzymał on prawa wydziału w 1973.
Badania naukowe Uważa się, że prof. J. Ciborowski stworzył w Instytucie Inżynierii Chemicznej PW własną szkołę naukową. Spośród jego uczniów ośmiu uzyskało tytuły profesora i dziesięciu – habilitacje. J. Ciborowski był też promotorem 22 prac doktorskich.