Następstwem listu było utworzenie Fundacji „Panteon Narodowy”, powołanej przez 11 publicznych uczelni Krakowa (Uniwersytet Jagielloński, Akademia Sztuk Pięknych, Akademia Muzyczna, Akademia Górniczo-Hutnicza, Uniwersytet Ekonomiczny, Politechnika Krakowska, Uniwersytet Pedagogiczny, Państwowa Wyższa Szkoła Teatralna, Akademia Wychowania Fizycznego, Uniwersytet Rolniczy, Uniwersytet Papieski Jana Pawła II), Polską Akademię Umiejętności oraz Archidiecezję Krakowską.
Prowadzone prace Prace przygotowawcze rozpoczęły się w październiku 2010, a otwarcie pierwszej części nastąpiło 27 września 2012, w 400. rocznicę śmierci ks. Piotra Skargi spoczywającego w jednej z kościelnych krypt. Ma to nawiązać do daty otwarcia Krypty Zasłużonych na Skałce – 19 maja 1880, dokładnie w 400. rocznicę śmierci Jana Długosza, którego ponowny pogrzeb dał jej początek.
Nowo budowany Panteon powstaje z połączenia istniejących, pustych krypt pod kościołem św. Piotra i Pawła oraz nowego budynku planowanego w zakościelnym wirydarzu-dziedzińcu.
Po zakończeniu całości prac od strony Collegium Broscianum UJ otwarte zostanie nowe, niezależne wejście do Panteonu.