Memorialny wymiar Panteonu powiązany będzie ściśle z jego funkcją muzealną i edukacyjną, adresowaną do turystów i pielgrzymów odwiedzających Kraków, a także młodzieży, dla której przeznaczony jest realizowany już program szeroko rozumianej edukacji humanistycznej i patriotycznej.
Za podstawę powstającego Panteonu przyjęto następujące założenia: panteon Narodowy w Krakowie ma być miejscem spoczynku najwybitniejszych twórców narodowej sztuki, kultury i nauki; panteon dostępny będzie dla każdego twórcy godnego miana Wielkiego Polaka, niezależnie od poglądów i przekonań; panteon pozostaje niezależną od Kościoła przestrzenią narodowej pamięci, będącą w dyspozycji Fundacji Panteon Narodowy; decyzje o pochówkach w Panteonie Narodowym podejmuje kapituła.
Pochowani Przed utworzeniem Panteonu Piotr Skarga (1536–1612) – jezuita, teolog, pisarz i kaznodzieja Andrzej Trzebicki (1607–1679) – biskup krakowski i przemyski, podkanclerzy koronny Witold Szeliga Bieliński (1818–1833)