Zmieniona w wyniku rewolucji 1905 sytuacja w Królestwie Kongresowym pozwoliła mu przyjechać do Warszawy. W latach 1906–1918 był członkiem Towarzystwa Kursów Naukowych, od 30 XII 1908 do 14 XII 1909 także członkiem Zarządu TKNDziesięciolecie Wolnej Wszechnicy Polskiej TKN: sprawozdanie z działalności Towarzystwa Kursów Naukowych, 1906-1916, opracowali Ryszard Błędowski, Stanisław Orłowski, Henryk Mościcki, Warszawa 1917, Podkarpacka BC – wersja elektroniczna. Był także dziekanem Wydziału Humanistycznym TKN (1908-1916) na którym w latach 1906-1916 prowadził wykłady z historii filozofii od starożytności do Oświecenia a także podstawy filozofii współczesnej. Wykładał również logikę i metodologię nauk.
W 1910 Kozłowski wygłosił cykl wykładów na temat pragmatyzmu, a w 1912 napisał rozprawę konkursową, za którą otrzymał nagrodę paryskiej Akademii Nauk Moralnych i Politycznych. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości wziął udział w organizacji szkolnictwa wyższego. Został zastępcą profesora Katedry Teorii i Metodologii Nauk Przyrodniczych i Humanistycznych na Wydziale Filozofii Uniwersytetu Poznańskiego. W 1921 został profesorem zwyczajnym.