Od 2008 r. CBH PAN wspólnie z Ambasadą Polski w Berlinie przyznaje corocznie Naukową Nagrodę Ambasadora RP za najlepsze rozprawy doktorskie i prace magisterskie powstałe na niemieckich uczelniach i poświęcone historii i kulturze Polski oraz relacjom polsko-niemieckim. W 2010 r. CBH PAN zainicjowało comiesięczne otwarte seminaria z cyklu Klaus Zernack Colloquium, odbywające się każdego roku pod innym hasłem.
CBH PAN jest partnerem Polsko-Niemieckiej Komisji Podręcznikowej, z którą koordynowało prace nad polską i niemiecką wersją podręcznika szkolnego Europa. Nasza Historia/Europa – Unsere Geschichte (2016–2020). Współpracuje też ze Stacją Naukową PAN w Wiedniu przy projektach wydawniczych i Stacją Naukową PAN w Paryżu przy organizacji konferencji.
Publikacje Od 2007 r. CBH PAN wydaje w języku niemieckim rocznik „Historie”, poświęcony historii polsko-niemieckich oddziaływań. Prowadzi też cztery serie wydawnicze: Fokus. Neue Studien zur Geschichte Polens und Osteuropas, Polen in Europa (obie we współpracy z wydawnictwem Brill), Przełomy i ludzie dialogu. Z historii polsko-niemieckiego porozumienia (samodzielnie) oraz Materiały źródłowe i opracowania do dziejów stosunków polsko-niemieckich w epoce nowożytnej i XIX w. (we współpracy z Muzeum Historii Polski w Warszawie). Od 2017 r.