W roku 2007 Hiszpan kontynuując współpracę z włoską stajnią, już w trzecim wyścigu sezonu, o GP Chin, znalazł się na drugiej lokacie. Niestety w środku sezonu Elias ponownie nabawił się urazu, który wykluczył go tym razem z trzech eliminacji. W GP Japonii Toni Elias Justícia po raz drugi i ostatni w sezonie znalazł się na podium, zajmując trzecie miejsce. Na koniec rywalizacji, tak jak w debiucie, został sklasyfikowany na 12. lokacie.
W 2008 roku Toni Elias Justícia rozpoczął współpracę z innym włoskim zespołem - Pramac Racing - korzystającym z maszyny Ducati. Starty na innym motocyklu nie były jednak udane dla Eliasa, który rzadko plasował się w pierwszej dziesiątce klasyfikacji. Pomimo tego dwukrotnie znalazł się na podium, zajmując odpowiednio drugie i trzecie miejsce, podczas GP Czech i San Marino. W ostatecznej punktacji po raz trzeci w karierze zajął 12. lokatę.
W kolejnym sezonie Hiszpan powrócił do jazdy na japońskiej konstrukcji oraz do współpracy z ekipą Fausto Gresiniego. Okazało się to dobrym posunięciem, ponieważ Elias częściej plasował się w czołowej dziesiątce. Na czeskim Masaryk Circuit Toni Elias uplasował się na najniższym stopniu podium. Ostatecznie zmagania zakończył na najwyższej w karierze 7.