Do 2004 w terytorialnym zasięgu działania oddziału, terenowymi organami Straży Granicznej byli komendant oddziału, komendanci strażnic i granicznych placówek kontrolnych straży granicznej., a po reorganizacji komendant oddziału i komendanci placówek straży granicznej..
Oddział współpracuje m.in. z: Policją, Krajową Administracją Skarbową, Inspekcją Transportu Drogowego, Agencją Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Żandarmerią Wojskową, Warmińsko-Mazurskim Urzędem Wojewódzkim w Olsztynie oraz Strażą Ochrony Kolei.
Struktura organizacyjna oddziału W 1991 przejęte zostały od WOP: Strażnica SG w Braniewie Strażnica SG w Górowie lławeckim Strażnica SG w Bartoszycach Strażnica SG w Barcianach Strażnica SG w Węgorzewie Strażnica SG w Baniach Mazurskich Strażnica SG w Gołdapi.
Komendantami Strażnic zostali dotychczasowi dowódcy strażnic WOP, a utworzonych Granicznych Placówek Kontrolnych SG w Braniewie, Bartoszycach i Skandawie dotychczasowi zastępcy dowódców strażnic WOP odpowiedzialni za kontrolę ruchu granicznego.