Od 2003 funkcjonowanie Warmińsko-Mazurskiego Oddziału Straży Granicznej regulowało Zarządzenie nr 40 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 15 października 2003 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Warmińsko-Mazurskiego Oddziału Straży Granicznej w Kętrzynie (Dz. Urz. KGSG Nr 7, poz. 47) z 2005 Nr 5, poz. 30, z 2007, Nr 1, poz. 9, Nr 2, poz. 25 i Nr 11, poz. 96 oraz z 2008. Nr 6, poz. 38) zmienionego zarządzeniami nr 37 z 23 maja 2008, nr 57 z 23 lipca 2008 i nr 63 z 28 sierpnia 2008 oraz Zarządzenie nr 85 z 16 listopada 2009.
Od 1 maja 2014 funkcjonowanie Warmińsko-Mazurskiego Oddziału Straży Granicznej reguluje Zarządzenie nr 50 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 16 kwietnia 2014 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Warmińsko-Mazurskiego Oddziału Straży Granicznej imienia gen. bryg. Stefana Pasławskiego w Kętrzynie (Dz. Urz.