2014.70)..
Komendą Oddziału kieruje Komendant Oddziału przy pomocy zastępców Komendanta Oddziału, głównego księgowego oraz kierowników komórek organizacyjnych komendy oddziału.
W skład komendy oddziału wchodzą komórki organizacyjne, o których mowa poniżej oraz Zespół Stanowisk Samodzielnych.
Zespół Stanowisk Samodzielnych, w skład którego wchodzą radca prawny i kapelan, jest bezpośrednio nadzorowany przez Komendanta Oddziału.
Komórkami organizacyjnymi komendy oddziału są: Wydział Graniczny Wydział Operacyjno-Śledczy Wydział do Spraw Cudzoziemców Wydział Koordynacji Działań Wydział Łączności i Informatyki Wydział Kadr i Szkolenia Pion Głównego Księgowego Wydział Techniki i Zaopatrzenia Wydział Zabezpieczenia Działań Wydział Ochrony Informacji Wydział Kontroli i Audytu Wewnętrznego Wydział Analiz, Informacji i Współpracy Międzynarodowej Służba Zdrowia Warmińsko-Mazurskiego Oddziału Straży Granicznej z siedzibą w Kętrzynie Strzeżony Ośrodek dla Cudzoziemców w Kętrzynie.