W wyborach samorządowych w 2002 bez powodzenia kandydował do Rady m.st. Warszawy z listy Komitetu Wyborczego Wyborców Julii Pitery (otrzymał 1641 głosów). W wyborach parlamentarnych w 2005 bez powodzenia kandydował do Sejmu z listy Prawa i Sprawiedliwości (otrzymał 999 głosów). W latach 2008–2009 był dyrektorem generalnym Instytutu Jagiellońskiego. W 2010 został współzałożycielem Ruchu 10 Kwietnia. W wyborach parlamentarnych w 2011 liczbą 4615 głosów w okręgu warszawskim zdobył mandat posła z listy PiS. W listopadzie tego samego roku wstąpił do tej partii. Odszedł z niej w czerwcu 2013, występując również z klubu parlamentarnego PiS i zakładając Stowarzyszenie „Republikanie” o profilu republikańskim i konserwatywno-liberalnym, w którym objął funkcję prezesa. W październiku tego samego roku organizacja ta podpisała porozumienie z byłymi posłami PO, angażując się w projekt „Godzina dla Polski” Jarosława Gowina. Wraz z końcem października Przemysław Wipler ustąpił z funkcji prezesa „Republikanów” (na rzecz Anny Streżyńskiej), jednak po niespełna miesiącu ponownie został na nią wybrany. Jego stowarzyszenie wzięło następnie udział w utworzeniu partii Polska Razem. Przemysław Wipler został członkiem prezydium zarządu tego ugrupowania, jednak już w lutym 2014 wraz z częścią „Republikanów” opuścił Polskę Razem.