W 1893 obiekt został poddany gruntownej przebudowie, którą oficjalne akta konsystorza eparchii chełmsko-warszawskiej określały wręcz jako budowę nowej świątyni na miejscu rozebranej starszejB. Seniuk, Prawosławne cerkwie guberni lubelskiej i siedleckiej zrealizowane według projektów arch. Wiktora Iwanowicza Syczugowa, członka Cesarskiej Akademii Sztuk Pięknych w Petersburgu [w:] . Projekt zmian w sylwetce obiektu wykonał rosyjski architekt Wiktor Syczugow, członek Cesarskiej Akademii Sztuk Pięknych. Jego plan był przeglądany i opiniowany także przez architektów A. Czagina i W. Pokrowskiego. Cerkiew we Włodawie była jedną z trzynastu świątyń zaprojektowanych przez Syczugowa dla prawosławnych parafii w Królestwie KongresowymB. Seniuk, Prawosławne cerkwie guberni lubelskiej i siedleckiej zrealizowane według projektów arch. Wiktora Iwanowicza Syczugowa, członka Cesarskiej Akademii Sztuk Pięknych w Petersburgu [w:] .
Zasadnicze prace budowlane, prowadzone przez Piotra Ksenka z Siedlec trwały dwa lata, dalsze remonty cerkwi były kontynuowane do końca stulecia. Po ich zakończeniu cerkiew poświęcił biskup lubelski Gedeon. W końcu XIX w.