Cerkiew prawosławna W Imperium Rosyjskim mały|Detal budynku Parafia we Włodawie została przyłączona do eparchii chełmsko-warszawskiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w 1875, wskutek likwidacji unickiej diecezji chełmskiej. W 1874, w czasie trwania prowadzonej przez administrację carską kampanii przygotowującej jej kasatę Włodawa była areną protestów ludności unickiej niechętnej przejściu na prawosławie. Jesienią tego roku grupa unitów wypędziła z plebanii przycerkiewnej proboszcza parafii, zwolennika konwersji. Następnie zbuntowani wierni zajęli budynek cerkwi i usunęli z niego te elementy wyposażenia, które pojawiły się w nim w ciągu ostatnich kilku lat, w czasie reorganizacji wnętrza budynku w stylu bizantyjsko-rosyjskim (przebudowy tego typu były prowadzone w większości cerkwi na ziemi chełmskiej). Protest tłumiło wojsko rosyjskie.
W 1882 w cerkwi wykonano dekoracje malarskie na ścianach i sklepieniu, dokonano ponadto konserwacji ikonostasu. Autorem fresków był ziemski strażnik Harponiuk, który za swoją pracę otrzymał wynagrodzenie zgromadzone z dobrowolnych wpłat wiernych i duchownych oraz z funduszy Kościoła.