Jesienią 1944 r. – wraz z Antonim Gromskim i Stanisławem Sokołowskim – podjął rozmowy z przedstawicielem PKWN na temat ujęcia w ramy organizacyjne spontanicznie odradzającego się ruchu harcerskiego, w wyniku czego 27 października 1944 r. objął funkcję komendanta Rzeszowskiej Chorągwi Harcerzy, 30 grudnia 1944 r. został członkiem Tymczasowej Naczelnej Rady Harcerskiej, na której pierwszym posiedzeniu w Lublinie został wybrany Przewodniczącym ZHP.
Był to okres równoległego istnienia struktur organizacji harcerskich w różnych miejscach Polski i braku komunikacji między nimi. 17 stycznia 1945 r. dotychczasowe konspiracyjne struktury ZHP, z przewodniczącym Tadeuszem Kupczyńskim, rozwiązały się. W tym samym czasie w lutym 1945 r. Janusz Wierusz-Kowalski został mianowany przez kierownictwo resortu oświaty w Warszawie przewodniczącym ZHP. Stanisław Nowakowski zrezygnował z funkcji Przewodniczącego ZHP w lecie 1945 r. i poświęcił się pracy w chorągwi rzeszowskiej. Zrezygnował (w wyniku nacisków Urzędu Bezpieczeństwa) z funkcji Komendanta Chorągwi w 1947 r., a w 1951 r. zrezygnował z czynnej pracy w harcerstwie.
Po Czerwcu 1956 r. powrócił do pracy harcerskiej. Na Krajowym Zjeździe Działaczy Harcerskich w grudniu 1956 r. w Łodzi został wybrany członkiem Naczelnej Rady Harcerskiej.