W styczniu 1957 r. wszedł w skład Rady Chorągwi i objął funkcję kierownika Wydziału Harcerskiego Komendy Chorągwi Rzeszowskiej. Członkiem Komendy był do 1965 r., a członkiem Rady Chorągwi – do 1975 r.
Jako jeden z pierwszych instruktorów otrzymał w 1965 r. honorowy stopień harcmistrza Polski Ludowej.
Praca pedagogiczna Po ukończeniu studiów w 1924 r. został nauczycielem w Państwowym Gimnazjum im. Mikołaja Kopernika w Krośnie. W 1926 r. został przeniesiony na stanowisko etatowego nauczyciela w Państwowym Gimnazjum im. Juliusza Słowackiego w Czortkowie, gdzie w 1930 roku został kierownikiem Publicznej Szkoły Powszechnej im. Króla Jana III Sobieskiego. W 1935 r. przeniósł się do Kołomyi na stanowisko inspektora szkolnego. Po zajęciu Kresów przez ZSRR pozostał nauczycielem w szkole „polsko-ukraińskiej”, gdzie organizował również tajne nauczanie.
thumb|240px|Grobowiec rodzinny Stanisława Nowakowskiego Po zajęciu Podkarpacia przez oddziały radzieckie, latem 1944 r. Nowakowski przeniósł się do Rzeszowa (gdzie mieszkał do śmierci). Został tam w sierpniu 1944 r. mianowany p.o. Kierownika Wydziału Szkolnictwa Powszechnego Kuratorium. Od stycznia 1945 r. był okręgowym wizytatorem szkół powszechnych, później przez pewien czas naczelnikiem Wydziału Ogólnego Kuratorium.