W czasie II wojny światowej katedra i zakład działały jako prosektura szpitala Św. Łazarza (Vereinigte Staatliche Krankenanstalten). Oficjalnie wszelka dydaktyka i działalność naukowa ustały, ale zatrudnieni na etatach szpitalnych studenci kontynuowali studia na tajnych kompletach. Docent Kowalczykowa aktywnie włączyła się w prace zakonspirowanego uniwersytetu. Przez pierwsze lata udawało się jej ukryć swoją działalność, w wyniku jej ujawnienia została aresztowana 18 stycznia 1943 w mieszkaniu przy ulicy Dietla 83 i umieszczona w więzieniu Montelupich. Przewieziona transportem do KL Auschwitz 28 stycznia 1943 i oznaczona numerem 32212. W obozie początkowo pracowała jako sztabowa w bloku 9, następnie jako lekarka w bloku szpitalnym nr 29, po czym przeniesiona została do bloku nr 10 w obozie macierzystym w Oświęcimiu. Została zwolniona 1 sierpnia 1943 z obozu po interwencji Polskiego Czerwonego Krzyża. Miała uczestniczyć jako ekspert anatomopatolog przy ekshumacji polskich oficerów w Katyniu nie wzięła w nich jednak udziału. Do wyzwolenia pracowała tylko w domu, wykonując badania histologiczne dla Instytutu Higieny był to warunek jej zwolnienia z obozu.Archiwum ofiar terroru nazistowskiego i komunistycznego w Krakowie 1939 - 1956