W latach 1945–1970 kierowała Katedrą Patomorfologii Collegium Medicum UJ. Od 1948 profesor nadzwyczajny; od 1950 profesor zwyczajny. W latach 1953–1959 była dziekanem Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Krakowie, a w latach 1956–1959 jej prorektorem. Przewodniczyła Komitetowi Nauk Morfologicznych PAN, brała udział w pracach Komisji Biologii Nowotworów PAN. Była członkiem założycielem Polskiego Towarzystwa Anatomopatologów i wieloletnim przewodniczącym oddziału krakowskiegoProf. Janina Kowalczykowa. Wspomnienie pośmiertne [w:] Patologia Polska wyd. 1975 nr 26 (3) s. 307–308.. Była jednym z inicjatorów powstania czasopisma „Patologia Polska” i jego redaktorem naczelnym od 1949 do 1970.
Zmarła w Krakowie, pochowana obok męża na cmentarzu Rakowickim (kwatera LVI-41-6).
Ordery i odznaczenia
Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski Srebrny Krzyż Zasługi (29 września 1955) „za zasługi w pracy zawodowej w dziedzinie szkolnictwa wyższego” - wymieniona jako Kowalczyk Janina c. Jana.
Medal 10-lecia Polski Ludowej (13 stycznia 1955) - Uchwała Rady Państwa z dnia 13 stycznia 1955 r.