Karol odmawiał także przyjęcia nowej liturgii, zbliżonej do katolickiej, którą Jan III wprowadził do Szwedzkiego Kościoła Luterańskiego w 1572. Książę Södermanlandu aktywnie wspierał przeciwników polityki kościelnej króla. Sam był podejrzewany o sympatie do wyznania kalwińskiego. Poza tym Karol rościł sobie pretensje do prawa wzywania do służby konnej (rusttjänst) szlachty w obrębie swego księstwa oraz wyznaczania sędziów (lagman). W końcu Jan III odwołał się do riksdagu zwołanego do Sztokholmu w 1582. Postanowiono wówczas ograniczyć prawa księcia, wzmacniając władzę królewską. Decyzje te w wielu miejscach podobne były do artykułów z Arboga (1561). Kiedy w 1585 Jan III ożenił się z Gunillą Bielke, Karol odmówił przybycia na wesele brata. Odmówił też uznania ustaw riksdagu z 1582. Otwarta wojna pomiędzy braćmi wydawała się nieunikniona, doszło jednak do rozmów. Z pomocą rady królestwa (riksråd) obie strony doszły do porozumienia, zawartego w 1587 na spotkaniu w Vadstenie (Konstytucje z Vadsteny). Karol ustąpił bratu we wszystkich kwestiach spornych poza sprawami, które dotyczyły polityki kościelnej.