W 1587 na elekcyjny tron Rzeczypospolitej Polskiej wybrano syna Jana III, Zygmunta. Wydane wówczas statuty kalmarskie regulowały sprawy dotyczące przyszłej unii personalnej z Polską. Postanowiono, że w czasie, gdy król Zygmunt przebywać będzie w Polsce, Szwecja rządzona będzie przez radę złożoną z siedmiu osób. Książę Karol nie miał wejść w skład tejże rady, lecz miał jedynie wyznaczać jednego z jej członków. Miało to znacznie wzmocnić arystokrację szwedzką kosztem Karola, który zdecydowanie sprzeciwił się tym postanowieniom. Uważał, że kraj podczas nieobecności króla powinien być rządzony przez najstarszego pełnoletniego księcia dziedzicznego.
Kiedy Zygmunt III popadł w trudności na polskim tronie, Jan III wezwał go w 1589 do porzucenia polskiej korony i powrotu do Szwecji. Sprzeciwiła się temu pomysłowi szwedzka rada państwa (Riksråd). To oraz brak jednomyślności w sprawach dotyczących gospodarki państwa doprowadziło do rozłamu pomiędzy królem i radą. W tej sytuacji Jan III pogodził się ze swym bratem, Karolem. Postanowienia ustaw z Vadstena oraz statutów z Kalmaru zostały zniesione i książę Karol odzyskał dawną niezależność swojego księstwa. Jego wpływ na sprawy państwa wzrósł kosztem arystokracji zasiadającej w radzie. Kilku z jej członków, m.in.