Na zjeździe tym przyjęto augsburskie wyznanie wiary oraz wybrano arcybiskupem Abrahama Angermannusa, który w czasach Jana III Wazy zmuszony został do ucieczki z kraju. Polityka religijna Jana III Wazy została potępiona. Jakiekolwiek odstępstwa od przyjętej doktryny miały być surowo karane. Na Zygmuncie planowano wymusić podpisanie karty praw, na której znalazłyby się m.in. postanowienia z Uppsali.
Do Szwecji wraz z Zygmuntem przybył nuncjusz papieski Germanio Malaspina. Kuria rzymska nadal żywiła nadzieję, że uda jej się z pomocą Zygmunta odzyskać kraj dla katolicyzmu. Po przyjeździe do Sztokholmu, na początku października 1593, Zygmunt otrzymał pismo od swego wuja, księcia Karola, w którym wzywał on go do zatwierdzenia postanowień zjazdu w Uppsali i potwierdzenie wyboru Abrahama Angermannusa. Księża katoliccy towarzyszący Zygmuntowi podczas pogrzebu Jana III w lutym 1594 musieli opuścić kondukt żałobny przed jego wejściem do katedry w Uppsali.