Na zwołanym do Uppsali riksdagu koronacyjnym ponownie zażądano od Zygmunta potwierdzenia postanowień zjazdu luterańskiego. Rozmowy szły opornie. Po tygodniu książę Karol zagroził Zygmuntowi rozwiązaniem riksdagu i opuszczeniem Uppsali, jeżeli ten nie zgodzi się na stawiane mu warunki. Zygmunt uległ. Próbował jeszcze zabezpieczyć wolność wyznania dla katolików w Szwecji, ale bezskutecznie. Narzucone mu warunki zostały przez niego zaprzysiężone. 9/19 lutego 1594 Zygmunt został koronowany w Uppsali.
Latem 1594 Zygmunt miał powrócić do Polski. Rada i książę Karol Sudermański wysunęli propozycję, aby rządy przekazać w ich ręce. Karol ze swej strony domagał się jednak władzy regenta państwa. Rada z kolei uważała, że rządy powinny być wspólne, rady i księcia Karola. Zygmunt nie chciał powierzać całej władzy ani w ręce rady, ani swego wuja. Wyznaczył dla poszczególnych prowincji sześciu lojalnych wobec siebie namiestników, którzy odpowiadać mieli bezpośrednio przed nim. Ich kompetencje nie zostały ściśle określone.