Przedstawiana w biblijnej Księdze Wyjścia narracja, dotycząca trwającego cztery wieki pobytu całego narodu żydowskiego w Egipcie, opuszczenia ponad miliona Izraelitów z Delty Nilu czy trzymiesięcznej wyprawy na Synaj, nie znalazła dotychczas potwierdzenia w materiale archeologicznym. Antyczne źródła egipskie również nie wzmiankują o wydarzeniach zawartych w Księdze Wyjścia, zaś pustynia na południu półwyspu synajskiego nie nosi śladów opisywanej masowej migracji. Niemal wszystkie miejsca dotyczące opowieści włącznie z Goszen (nazwa domniemanej ziemi, na której Izraelczycy żyli w Egipcie) czy sama Góra Synaj wymykają się dzisiaj identyfikacji. Badacze uznający narrację Księgi Wyjścia za odpowiadającą prawdzie historycznej przyznają, że najwięcej, na co pozwala materiał archeologiczny, to prawdopodobność tej narracji.
Okres ptolemejski i rzymski (400 p.n.e. – 641 n.e.) Kolejne fale imigrantów żydowskich w okresie Ptolemeuszy osiedlały się przede wszystkim w Aleksandrii, przez co dzieje żydowskie koncentrują się pierwotnie na tym mieście, choć powstawały pomniejsze społeczności, jak np. w dzisiejszym Kafr Ad-Dawwar. Żydzi służyli w administracji jako nadzorcy rzeczni. W III w. p.n.e. diaspora żydowska kwitła już w wielu miastach egipskich.