Konflikt prawosławno-unicki o przynależność cerkwi w Lublinie mały|Widok soboru z 1891 mały|Widok ogólny soboru W 1586 przy parafii Przemienienia Pańskiego w Lublinie powstało bractwo cerkiewne, którego patronem był św. Onufry Wielki. Z bractwem związani byli przedstawiciele najważniejszych rodów prawosławnych Rzeczypospolitej, zaś przywilej na jego utworzenie wydał patriarcha Antiochii. W rok po jego powstaniu członkowie bractwa zaangażowali się w budowę nowej świątyni, gdyż starsza spłonęła; ze zniszczonego budynku uratowano jedynie ikonostas. Moment ukończenia budowy nie jest znany, najprawdopodobniej poświęcenie nowej cerkwi nastąpiło na początku XVII stulecia, jednak obiekt ten szybko uległ zniszczeniu, gdyż już w 1607 bractwo przystąpiło do wznoszenia kolejnej, tym razem murowanej świątyni. Tym razem prace budowlane ciągnęły się przez 26 lat, czego prawdopodobną przyczyną był trwający konflikt lubelskiego bractwa z hierarchą unicką (biskup chełmski Dionizy w 1596 poparł unię brzeską, co teoretycznie oznaczało przejście na katolicyzm obrządku wschodniego całej diecezji). Sprawa przynależności cerkwi Przemienienia Pańskiego była kilkakrotnie przedmiotem rozpraw w trybunale lubelskim.