W nabożeństwach zaczęto wykorzystywać dotąd nieznane organy i dzwonki, wstawiono ołtarze boczne, homilie były głoszone w języku polskim.
Ponowne przejęcie cerkwi przez prawosławnych mały|Kopia Jerozolimskiej Ikony Matki Bożej Po 1864, w ramach przygotowań do likwidacji unickiej diecezji chełmskiej (co z kolei stanowiło część represji po stłumieniu powstania styczniowego) władze carskie stworzyły możliwość podjęcia pracy duszpasterskiej w tejże diecezji duchownym unickim z Galicji, uczestnikom ruchu obrzędowego i sympatykom ruchu moskalofilskiego. Mieli oni stopniowo usunąć z obrzędowości unickiej oraz ze świątyń tego wyznania elementy pochodzenia łacińskiego, by ułatwić następnie konwersję unitów na prawosławie. Parafię lubelską objął duchowny spod Lwowa, ks. Mikołaj Kolenkowski. W okresie kierowania przez niego placówką duszpasterską przeprowadzono remont cerkwi, usuwając z niej elementy typowo łacińskie. Proboszcz doprowadził również do stopniowego wprowadzenia w nabożeństwach rytu analogicznego do używanego w Rosyjskim Kościele Prawosławnym. Ostateczna likwidacja unii w Lublinie nastąpiła 11 maja 1875. W tym momencie reaktywowana parafia prawosławna liczyła 80 wiernych. Byli to przede wszystkim napływowi Rosjanie.