Już kilka lat później, po ukończeniu budowy soboru Podwyższenia Krzyża Pańskiego w Lublinie, gubernator lubelski zasugerował likwidację parafii, na co nie zgodził się biskup lubelski Modest. Przy cerkwi ponownie zorganizowano prawosławne bractwo Przemienienia Pańskiego.
W 1881 przeprowadzono generalny remont budynku (sfinansowany przez cara Aleksandra II), eliminując z jego bryły i wyposażenia ostatnie elementy obce tradycji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W czasie remontu wykorzystano, aczkolwiek w dość niestaranny sposób, wzorzec ze zbioru Projekty cerkwiej Konstantina Thona. W kolejnych dziesięcioleciach (do wycofania się Rosjan z Lublina) cerkiew otrzymywała dary od patriarchy jerozolimskiego Damiana i metropolity kijowskiego Filoteusza. Pierwszy z wymienionych hierarchów podarował cerkwi Przemienienia Pańskiego kopię Jerozolimskiej Ikony Matki Bożej z cząsteczką relikwii Krzyża Pańskiego przyłożonych do Grobu Pańskiego.
Już na początku XX w., mimo przeprowadzonej kilkanaście lat wcześniej renowacji, świątynia była w stanie na tyle złym, że konieczny był nowy remont. Z inicjatywy biskupa warszawskiego Hieronima do obiektu wstawiono piece, wymieniono posadzkę, pozłocono ikonostas oraz odnowiono i ozdobiono zewnętrzne sztukaterie.