Na prośbę metropolity moskiewskiego i kołomieńskiego Włodzimierza został przeniesiony do Nowogołutwińskiego Monasteru Trójcy Świętej w Kołomnie w charakterze przełożonego. W ciągu dwóch lat pracy duszpasterskiej w tymże klasztorze zyskał niezwykłą popularność zarówno w Kołomnie, jak i w Moskwie. W 1910 mianowany przełożonym innej kołomieńskiej wspólnoty mniszej, Starogołutwińskiego Monasteru Objawienia Pańskiego.
Dzięki protekcji Grigorija Rasputina uzyskał w 1911 nominację na biskupa kargopolskiego, wikariusza eparchii ołonieckiej, przeciwko czemu, według relacji Michaiła Rodzianki, duchowni członkowie Świątobliwego Synodu Rządzącego na czele z metropolitą petersburskim Antonim zdecydowanie protestowali. Jego chirotonia biskupia odbyła się 28 sierpnia 1911. W 1913 powierzono mu zarząd eparchii tobolskiej i syberyjskiej.
W 1915 biskup Barnaba przeprowadził w Tobolsku kanonizację metropolity tobolskiego Jana (Maksymowicza), czego dokonał bez jednoznacznej zgody Synodu. Wezwany do wytłumaczenia swojego zachowania, zachowywał się butnie w stosunku do zasiadających w Synodzie duchownych i jego oberprokuratora Aleksandra Samarina. W związku z tym kanonizacja została uznana za nieważną, a Barnabę usunięto z katedry.