W lipcu 2009 Ramírez powrócił do Morelii, która odrzuciła ofertę przedłużenia jego wypożyczenia do Atlético Nacional. Od razu został jednym z najważniejszych piłkarzy zespołu i zapewnił sobie miano czołowego środkowego pomocnika w lidze meksykańskiej, a 2010 roku triumfując z Morelią w rozgrywkach SuperLigi. On sam miał jednak niewielki wkład w to osiągnięcie, zmagając się w tamtym czasie z problemami zdrowotnymi. W wiosennym sezonie Clausura 2011 był już natomiast kluczowym zawodnikiem swojej ekipy, zdobywając z nią wówczas tytuł wicemistrza kraju, zaś podczas jesiennych rozgrywek Apertura 2013 wywalczył z Morelią krajowy puchar – Copa MX. Bezpośrednio po tym sukcesie został mianowany przez szkoleniowca Carlosa Bustosa nowym kapitanem zespołu, po odejściu dotychczasowego lidera drużyny, Federico Vilara. Ogółem zawodnikiem Morelii pozostawał przez sześć lat, rozgrywając w jej barwach 196 ligowych meczów, w których dwunastokrotnie wpisywał się na listę strzelców.