Prośby te nie zostały spełnione i po kilku latach ostatni franciszkanie w Inowrocławiu usunęli ruiny nawy i niedokończone budowle kościelne, zachowując jedynie dawne średniowieczne prezbiterium, na którym na wzór wschodniego szczytu dobudowano szczyt zachodni.
Likwidacja Ostatecznie w 1818 r. konwent został zlikwidowany. Klasztor rozebrano, a dawne prezbiterium pełniło funkcje gospodarcze — m.in. umieszczono w nim olejarnię, która kilka razy się zapaliła. Wypalone mury w 1872 r. rozebrano. W latach 70. XX w. przeprowadzono badania archeologiczne, podczas których odkryto mury najstarszej części kościoła — prezbiterium i klasztoru. W roku 2010 odkryto pozostałości nawy i przylegającego do niej skrzydła klasztoru.
Bibliografia J. Fogel, Kościoły Wielkopolski, Kujaw i Ziemi Lubuskiej z teki rysunków Kajetana Wincentego Kielisińskiego (1808-1849), Poznań 1998 J. Frycz, Architektura i sztuka Inowrocławia, Dzieje Inowrocławia pod red. M. Biskupa, t. 2, Warszawa-Poznań-Toruń 1982 Stanisław Koc, Inowrocław, Krzyżacy a zjednoczenie Królestwa Polskiego, Inowrocław 2010
Czesław Sikorski, Miasto na soli, Warszawa 1988 Czesław Sikorski, Początki zespołu klasztornego oo. Franciszkanów w Inowrocławiu w świetle archeologiczno-architektonicznych badań ratowniczych [w:] Ziemie Kujawska, t.