W ciągu XVIII w. kościół popadł w ruinę z powodu źle przeprowadzonych wcześniej prac remontowych. Przeprowadzano prace nad wzmocnieniem fundamentów. Ostatecznie przebudowę kościoła podjęto w roku 1765. Postanowiono o zachowaniu prezbiterium wraz z pierwszym przęsłem nawy, czyli części do dawnego lektorium. Miano wybudować nową ścianę szczytową od zachodu i wznieść kaplice po bokach pierwszego przęsła. Od wschodu dawnego prezbiterium zaplanowano wzniesienie nowego prezbiterium. Nad szczytem średniowiecznego prezbiterium miała wznosić się wysoka sygnaturka. Całość miała być sklepiona barokowo — w tym celu ściany miały być wzmocnione od wewnątrz przez ich obudowę. Plany te w znacznej mierze były zrealizowane w 1777 r. Wzniesiono kaplice, z których jedną nakryto kopułką, a także nowe prezbiterium, którego nie nakryto jeszcze dachem.
Franciszkanie wysyłali liczne prośby o ratunek dla kościoła do króla pruskiego, jak i wniosek do Berlina wraz z projektem sporządzonym przez budowniczego domeny pruskiej G. Dornsteina z roku 1777, który zachował się w Archiwum Państwowym w Bydgoszczy.