Dwa lata później Kornerup wziął także udział w pracach archeologicznych przy grobie króla Eryka V w katedrze w Viborgu.
Zainteresowanie artysty nie ograniczało się jednak li tylko do graficznego dokumentowania znalezisk archeologicznych, ale także rozciągało się na prace przy konserwacji i zachowaniu dla przyszłych pokoleń zabytków przeszłości, w szczególności średniowiecznych fresków w duńskich świątyniach. Kornerup stał się pionierem na polu odsłaniania zamalowanych średniowiecznych fresków w duńskich kościołach i ich restauracji. Najważniejszym projektem konserwatorskim, w którym artysta wziął udział, było odsłonięcie i konserwacja fresków w kościele w Hagested koło Holbæk w 1862, gdzie wraz z Worsaae odnalazł XII wieczne freski, które następnie odnowił. Dzięki zaangażowaniu Kornerupa udało się odsłonić unikatowy fresk z wizerunkami króla Waldemara IV i królowej Jadwigi na ścianie prezbiterium kościoła św. Piotra w Næstved. W latach 1862–1904 artysta wziął udział w pracach konserwatorskich nad średniowiecznymi freskami w 80 kościołach na terytorium całej Danii, w tym w katedrze w swoim rodzinnym mieście, Roskilde. W pracach tych Kornerup wykorzystywał, poza malarskimi umiejętnościami, także swą wiedzę historyczną i znajomość łaciny.