Życie prywatne Jacob Kornerup poślubił 16 czerwca 1869 w kopenhaskiej katedrze Augustę Madsen (1846–1906), córkę fabrykanta powozów z Kopenhagi. Wraz z żoną udał się w podróż poślubną przez Niemcy do Szwajcarii i Francji. Ze związku tego na świat przyszło sześcioro dzieci: Helga (1871–1956), Ebbe (1874–1957, artysta malarz), Lili (1875–1966), Inger (1877–1968), Alice (1880–1881) i Elisabeth (1884–1957). Jacob Kornerup zmarł nagle 9 marca 1913 w Roskilde, a 13 marca został pochowany obok żony w grobowcu rodzinnym na cmentarzu Østre kirkegård w Roskilde. Na grobie artysty został wzniesiony pomnik, zaprojektowany przez jego syna, artystę-malarza, Ebbe Kornerupa. W 1921 Ród Kornerupów, został uhonorowany w Roskilde własną ulicą, Kornerups Vænge (Zaułek Kornerupów). Ulica ta powstała dekadę wcześniej na parcelach, które dawniej należały do krewnych malarza. Dom, w którym Kornerup mieszkał w latach 1876–1913 przy ulicy Hersegade 20, został po jego śmierci sprzedany, a następnie rozebrany w 1935.