Po 1945 r. muzeum przeszło pod zarząd nowych, komunistycznych władz polskich, które zamierzały przekształcać je w placówkę propagandową – „Muzeum ruchu rewolucyjnego”. W 1951 r. władze miejskie Rapperswilu wypowiedziały umowę dzierżawy, a sąd szwajcarski rozwiązał ją. W 1952 r. zbiory rapperswilskie wywieziono do Polski, a miejsce Muzeum Polski Współczesnej zajęło Szwajcarskie Towarzystwo Zamków (Der schweizerische Burgenverein), które w ramach przeprowadzonej restauracji zamku usunęło prawie całkowicie polskie ślady z jego terenu. W odpowiedzi na likwidację polskiego muzeum w styczniu 1954 r. założono polsko-szwajcarskie „Towarzystwo Przyjaciół Muzeum Polskiego w Rapperswilu”, którego twórcami byli Szwajcarzy oraz polscy emigranci nie akceptujący władzy komunistycznej w Polsce. Dzięki zabiegom towarzystwa w 1975 r. otwarto na zamku na nowo Muzeum Polskie w Rapperswilu.