Udał się następnie do Warszawy.

Udział w ZWZ/AK W 1940 wstąpił do Związku Walki Zbrojnej i został terenowym zastępcą komendanta Podokręgu II ZWZ Północne Mazowsze, pełniąc jednocześnie funkcję inspektora Inspektoratu II w tym podokręgu (obwody: Ciechanów, Mława, Działdowo, Modlin i Przasnysz). Używał wówczas pseudonimów: „Gryf”, „Ordon”, „Zan”, „Zawisza”. Faktycznie kierował całą pracą organizacyjną na tym terenie, doprowadzając m.in. do scalenia z ZWZ wielu mniejszych organizacji konspiracyjnych. W lecie 1942 wszedł w konflikt z komendantem podokręgu ppłk. Tadeuszem Tabaczyńskim ps. „Mazur”, „Kurp”. Wskutek narastających aresztowań żołnierzy AK i bezczynności komendanta podokręgu doszło do rozłamu w lokalnych szeregach AK.

Przejście do NSZ Część sztabu podokręgu i szeregowych członków AK przeszło wówczas do tworzących się NSZ. Utworzono z nich Okręg II NSZ Mazowsze-Północ, a S. Nakoniecznikow objął jego komendę i przyjął stopień podpułkownika NSZ. W odpowiedzi Wojskowy Sąd Specjalny Obszaru Warszawskiego AK potraktował to jako dezercję i skazał go na początku 1943 na karę śmierci za „rozbijanie walki zbrojnej” i „pójście na rękę okupantowi”. Oprócz funkcji komendanta Okręgu II objął on także funkcję komendanta Okręgu XIII Białostockiego, gdzie występował pod pseudonimem „Kiliński”.