W stosunkowo krótkim czasie doprowadził do ujednolicenia wszystkich scalonych w ramach NSZ organizacji na podległym mu terenie. Jesienią 1943 r. został powołany na stanowisko p.o. inspektora i szefa sztabu Inspektoratu Północnego NSZ składającego się okręgów II i XIII, zachowując jednocześnie dowodzenie tymi okręgami.

Rola S. Nakoniecznikowa podczas rozłamu w NSZ W dniu 7 marca 1944 doszło do podpisania umowy scaleniowej między NSZ i AK. Na tym tle powstały kontrowersje w KG NSZ i Prezydium Tymczasowej Narodowej Rady Politycznej – zwierzchnim organie politycznym NSZ. Po śmierci Komendanta Głównego NSZ płk. dypl. T. Kurcyusza ps. „Żegota”, w ramach TNRP doszło do swoistego zamachu stanu – sprzeciwiający się scaleniu członkowie Grupy Szańca ogłosili rozwiązanie TNRP, tworząc w jej miejsce pozastatutową Komisję Polityczną przemianowaną wkrótce na Radę Polityczną NSZ i ogłosiła antydatowane rozkazy KG NSZ, mianując 21 kwietnia 1944 S. Nakoniecznikowa – „pierwszym zastępcą dowódcy”, a następnie rozkazem datowanym 22 kwietnia (w dniu śmierci płk. T. Kurcyusza) mianowała go pełniącym obowiązki komendanta głównego NSZ oraz awansowała do stopnia pułkownika NSZ. Spowodowało to rozłam w NSZ i odtąd zaczęły działać dwa dowództwa NSZ, które nie uznawały się wzajemnie – jedno kierowane przez S.