Mensa ołtarzowa została ufundowana przez Jerzego Ossolińskiego, natomiast XVIII wieczne antepedium, osłaniające przednią część mensy ołtarzowej, jest nieznanego autorstwa.
Na ołtarzu znajdują się dwa insygnia władzy królewskiej – berło i jabłko, podarowane przez kobiety polskie 3 maja 1926, wykonane w tym samym roku w warszawskiej firmie Bracia Łopieńscy. Po prawej stronie cudownego Obrazu znajdują się trzy złote róże, dar papieży: św. Jana Pawła II, Benedykta XVI i Franciszka. Ponadto dar papieża-Polaka z 1982 – złote serce z napisem „Totus Tuus”. W bocznych wnękach ołtarza (na dole prostokątnych, na górze półkolistych) znajdują się figury świętych: Pawła Pierwszego Pustelnika oraz patrona Litwy – św. Kazimierza. Po lewej stronie cudownego Obrazu wisi srebrna, przeszklona szkatuła, w której złożono przestrzelony i zakrwawiony pas sutanny Jana Pawła II, który miał na sobie w czasie zamachu na jego życie 13 maja 1981. Jan Paweł II przekazał go 19 czerwca 1983 jako wotum wdzięczności za cudowne ocalenie. Początkowo pas był przechowywany w zamknięciu, zgodnie z życzeniem papieża, aby nie pokazywać go publicznie.