Od 2004, za zgodą Jana Pawła II, pas sutanny zawisł na ołtarzu.
Kaplica Matki Bożej thumb|250px|Wnętrze kaplicy Matki Bożej Kaplicę od prezbiterium oddziela żelazna krata fundowana około 1644 przez Macieja Łubieńskiego, wykonana w Gdańsku. W 1910 uzupełniono ją przez nadbudowę górnej części, wykonanej przez Stefana Szyllera po kradzieży koron i sukienki Matki Bożej.
Kaplica Matki Bożej jest trójnawową budowlą z lat 1641–1642, pochodzącą z okresu baroku, ufundowaną przez braci Łubieńskich, z charakterystycznymi emporami (piętrowymi bocznymi nawami), na miejscu istniejącego wcześniej gotyckiego klasztoru paulinów. Wtedy to za pozwoleniem biskupa krakowskiego Jakuba Zadzika rozebrano dwa boczne ołtarze i 7 kwietnia 1641 prowincjał paulinów, o. Paulin Kłodawski OSPPE położył kamień węgielny pod budowę kaplicy. Koszt budowy oszacowano na 40 tys. florenów. Kaplica nakryta jest sklepieniem kolebkowym z lunetami. Sklepienia naw bocznych i podłucza arkad zdobią renesansowe listwowe sztukaterie z motywami astragalu (głowic jońskich), jak również dekoracje tzw. typu lubelskiego. Sklepienie nawy głównej natomiast zdobią malowane medaliony w kolebce nawy, na chórze muzycznym i podłuczach empor, przedstawiające półpostacie apostołów i polskich świętych, autorstwa Karola Dankwarta (koniec XVII wieku).