Popularność tych filmów edukacyjnych sprawiła, że w 2009 roku Khan odszedł z pracy w finansach i w całości skupił się na tworzeniu filmów edukacyjnych i udostępnianiu ich za darmo w ramach „Akademii Khana”.
Khan Academy, jako organizacja non-profit, utrzymuje się z dobrowolnych datków. Łączna kwota datków to $, z czego $ podarowali Ann and John Doerr. Inicjatywa posiada również poparcie Bill & Melinda Gates Foundation oraz Google. We wrześniu 2010 roku Google ogłosiło, że w ramach ich projektu 10100 wspomoże Khan Academy kwotą $, aby umożliwić tworzenie nowych kursów oraz tłumaczenie istniejących na najbardziej popularne języki.
Wizja i cele Główne osiągnięcia Khan Academy: Stworzenie bazy darmowych filmów edukacyjnych o różnej tematyce. Wszystkie filmy są udostępniane na licencji Creative Commons 3.0, Stworzenie filmów z ćwiczeniami (głównie z matematyki) pozwalającymi na bieżąco mierzyć swoje postępy, Stworzenie mechanizmu dostarczanie stałej informacji zwrotnej oraz wdrożona gamifikacja, które zwiększają zaangażowanie uczniów w naukę. Stworzenie portalu umożliwiającego nauczycielom organizowanie klas i śledzenie postępów każdego ucznia jako podstawa do wdrażania idei szkoły odwróconej