Kariera cywilna Szybko doszedł do wniosku, że należące do niego włości nie przynoszą oczekiwanych przez niego dochodów, i zaczął zabiegać o przyjęcie do cywilnej służby kolonialnej. Początkowo był jednym z administratorów średniego szczebla w Afryce Południowej, a w latach 1826-28 zajmował nawet stanowisko tymczasowego gubernatora Kolonii Przylądkowej. W 1831 został mianowany gubernatorem Nowej Południowej Walii, co stanowiło wówczas zdecydowanie najważniejsze stanowisko w całej brytyjskiej administracji w koloniach australijskich. Zawdzięczał tę nominację m.in. wpływowym przyjaciołom w stronnictwie wigów.

Podstawowym zadaniem, jakie postawił przed sobą Bourke po przybyciu do Australii, było zwiększenie roli byłych skazańców i ich potomków w społeczeństwie kolonii, a także poprawa ich warunków życia (w literaturze historycznej określa się tę grupę społeczną mianem „emancypowanych”). Napotykało to na bardzo silny opór „ekskluzywnych”, czyli konserwatywnych środowisk wywodzących się od wolnych osadników oraz pilnujących skazańców żołnierzy, która to grupa pretendowała do statusu kolonialnej arystokracji.